Главной героиней истории выступает Токаку Адзума, девушка, которая познает азы мастерства наемного убийцы. По велению своего учителя Кайбы она переводится в школу Мёдзё, чтобы обучаться искусству киллера в группе Курогуми. Сама группа, как правило формируется на очень короткий срок. В этом классе учится 12 убийц, а так же их главная цель, девушка по имени Итиносэ Хару. Цель создания группы Курогуми — это убийство Хару. Несмотря на это, среди учащихся действуют строгие правила. Первое: за убийство Хару победитель получит любую награду, какую пожелает. Второе: можно использовать любые подручные средства, но без вовлечения в процесс кого-либо не из Курогуми. Третье: тот, кто провалился — будет исключен.

Спустя некоторое время после вступления в группу, Токаку начинает испытывать к Хару незнакомые ей доселе чувства. Узнав о печальном прошлом Хару, Токаку спасает ее от первого покушения, и становится защитницей жертвы произвола.

История начинается в тот момент, когда среднешкольник-второгодка Манацу Дайти видит в небе над Танэгасимой необычную радугу. «Я видел ее прежде…» — подмечает он, и это заставляет его отправиться в космический центр Танэгасима. Попутно герой вспоминает о загадочной смерти своего отца, о таинственных ребятах, с которыми он дружил в детстве. С кашей в голове Дайти прибывает на остров, где сталкивается с роботом под названием »Earth Engine». Его целью являются механические пришельцы с Урана, имя которым Кирутогангу.