Действие разворачивается в далёком будущем в открытом космосе. За тысячу лет до описываемых событий Земля была уничтожена гигантскими, практически неуязвимыми и едва ли разумными инопланетными тварями под названием гауна. Остатки человечества бежали из солнечной системы на гигантских космических кораблях, собранных из обломков с Земли. Но и сейчас, десять веков спустя, пришельцы продолжают преследовать их, представляя серьезнейшую опасность. Для собственной защиты люди научились строить гигантские механизированные орудия Морито, которые более-менее успешно выполняют своё предназначение. Вся жизнь главного героя по имени Нагатэ Таникадзе прошла глубоко в недрах корабля под названием Сидония, обитатели, которого, во-первых, создали общество, основанное на японской культуре, а во-вторых, не брезгуют генной инженерией, скрещивая людей с животными и растениями, создавая клонов и даже выводя человеческие особи неопределенного пола. Вот только Нагате всего этого не знает: всю жизнь он провёл в изоляции, причем главным его развлечением были ежедневные тренировки на устаревшем меха-симуляторе. Когда же он всё-таки попадает в общество, то выясняется, что у парня просто-таки невероятные боевые навыки, и ему всенепременно нужно становиться настоящим пилотом.

Сюжет вращается вокруг двух девочек. Ятиё Инугами — конченная мазохистка. Несмотря на свою фамилию без ума от кошек и влюблена в похожую на кошку Судзу. Может учуять Судзу по запаху на расстоянии до ста метров. Судзу Нэкояма — низкорослая цундэрэ, хоть и «нэко», но души не чает в собачках, хоть и не может их держать дома из-за аллергии родителей. Влюблена в похожую на собаку Ятиё. Еще у них есть подружка Аки Хираги, что постоянно подкалывает их, а так же не дает Инугами впасть в бешенство

Юный детектив Киндаити возвращается на экраны японских телевизоров и наших мониторов:) Напомню, что речь идет о Хадзиме Киндаити, гениальном школьнике-детективе, который выглядит не слишком смышлено, да и ведет себя соответственно, и лишь несколько человек знают о нем правду: Хадзиме унаследовал от деда острый ум и великолепные дедуктивные способности, его IQ равен 180, а познакомившись с ним поближе, вы поймете, что он один из умнейших людей, которых вы когда либо встретите в своей жизни. Вместе со своей подругой детства Миюки Нанасэ он сталкивается с одной загадкой за другой и клянется разгадать их все во имя своего деда, известного на всю Японию частного детектива.