Новый сезон адаптирует третью часть одноименной манги Хирохико Араки «JoJo’s BizarreAdventure Part 3: Stardust Crusaders». Куджо Джотаро обнаруживает в себе мистические способности, и, не зная, как с этим бороться, сам запирает себя в местной тюрьме. Через некоторое время его мать, не в силах бороться с сыном, просит приехать своего отца, дедушку Джотаро, который и объясняет внуку, что за таинственная сила скрывается в нём и для чего она дана ему!

История разворачивается вокруг ученика средней школы Маданбаси Коити, в крови которого содержатся Hi-ERo частицы (геройские частицы), которые позволяют ему управлять гигантским роботом Даймидалером. Благодаря помощи некой Кёко Сонан из таинственной организации "Prince Beauty Parlor" он встает на защиту человечества от Империи пингвинов.

В академии драконьих всадников Ансариван обучаются искусству управления драконами. В нее поступают только те, у кого есть метка с зародышем дракона внутри. К тому времени, как ученик получает ранг «юниус», из метки рождается дракон и навсегда становится его фамилиаром.

Студенту по имени Эш Блэйк не везет. Его ранг уже «синиус», да и метка его больше обычной, но его дракон так и не появился на свет. Оттого он является посмешищем в школе. Но интересно то, что, не смотря на свои неудачи, Эш с легкостью может управлять чужими драконами. Как он говорит, это у него от рождения, и сколько он себя помнит, общаться с ними ему было легко, что еще раз подтверждает его будущее мастера драконов.